El edificio que conocemos hoy como el Museo Diocesano de Arte Jesuítico de San Ignacio Guazú formaba parte del antiguo colegio de la reducción, hasta la expulsión de los Jesuitas en 1767. Al regresar a San Ignacio Guazú en 1933, los jesuitas ocuparon el mismo edificio mientras se construía su casa.

A principios de los años 70, el Gobierno de Paraguay solicitó apoyo a la UNESCO para salvar del abandono el acervo cultural jesuítico. Aunque la solicitud no fue atendida, el Dr. Paul Frings inició una campaña para buscar recursos y comenzar la recuperación de las obras.

Gracias a la mediación del Padre Pedro Arrupe y la colaboración del Padre Josef Ubelmesser SJ y del Padre Antonio González Dorado, se organizó en 1977 la Fundación Paracuaria, clave en la recuperación de las Misiones de la parte paraguaya. También se destacó la labor del Hermano Antonio Fernández Mateo y de los Sres. Bernardo Ismachoviez y Tito González, restaurador de la mayor parte de las esculturas.

Oficialmente, el museo fue inaugurado en 1978, albergando una colección extraordinaria de esculturas talladas y policromadas de los siglos XVII y XVIII.